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- 【役務】生物資源データプラットフォーム(DBRP)データ充実化のための微量菌体サンプルからのゲノム解析
入札情報
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【役務】生物資源データプラットフォーム(DBRP)データ充実化のための微量菌体サンプルからのゲノム解析 - 2022年08月10日登録(案件ID:22623444)
- 案件概要
2.役務の内容 2.1 微生物株(48 株)についての解析用試料の調製 機構が指定した微生物株(細菌又は古細菌) 48 株(別紙2)について、機構が送付する微量サンプ ル(L-乾燥菌体、グリセロール保存菌体及び微量菌体を含む培養液)からゲノム解析用のゲノム DNA を調製すること。調製するゲノム DNA の量と品質は、2.2におけるゲノム情報決定に十分なも のとする。 2.2 微生物株(48 株)についてのゲノム情報決定 2.2.1. 微生物株のゲノム情報決定 (1) 2.1において調製したゲノム DNA を用いてゲノム配列を決定すること。 (2) ゲノム配列の決定は、ショートリードシーケンサー(ペアエンド法でリード長 150bp×2 以上)で 実施すること。 (3) ゲノム配列の決定においてシーケンスを行う塩基数は 1 株平均 1Gbp 以上であること。 (4) シーケンスの結果得られたリードデータを用いて de novo アセンブル※2を行うこと。作成された contig ※3の品質は平均リダンダンス 100 以上(繰り返し配列、プラスミド等と推定される contig を除く)、contig N50(配列長の加重平均)が 30kbp 以上であること。この値を超えられない場合、 2.2.2に記載の手順に従うこと。 (5) scaffolding ※4が実行可能な場合は、別途 scaffold ※5を作成すること。 (6) 得られたゲノム配列に対し、遺伝子発見及び予測された遺伝子に対するアノテーション(機能 推定)を行うこと。アノテーション結果は大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 国 立遺伝研究所 DDBJ(DNA Data Bank of Japan)に登録可能な形式で作成すること。 ※2 de novo アセンブル: ゲノム配列がまだ決定されていない生物種について新規にゲノム配列を 決定すること。 ※3 contig: DNA 配列断片群を重ね合わせ(シーケンスアライメント)して できるコンセンサス配列。 ※4 scaffolding: ドラフトゲノム中の contig を順序付け、方向付けを行うプロセス。 ※5 scaffold: contig を、隙間を含んでつなげたもの。 2.2.2. 所定の水準のゲノム情報が得られなかった場合 (1) 2.1の試料調製を含めて再度ゲノム配列を決定すること。必要に応じて初回分のデータと合 わせてアセンブルを行うこと。求めるデータクオリティは2.2.1.(2)、(3)、(4)と同等とする。た だし、(3)においては全 48 サンプルの平均値とする。 (2)scaffolding が実行可能な場合は、別途 scaffold を作成すること。さらに、2.2.1.(6)に関して も実施すること。 (3)二度目の解析によって得られたデータも納品物(4.1)に含めること。二度目の解析においても 2.2.1.(4)に記載の基準に達しない株については2.2.1.(5)、(6)の作業は不要とする。 2.3 作業報告書の作成 微生物株(48 株)のゲノム情報の決定について、作業報告書を作成する。作業報告書には、以下 の内容を記載すること。 ・DNA 調製の方法、DNA の濃度及び量 ・シーケンスの実行条件、シーケンス結果概要 ・アセンブルの使用ソフト及びバージョン、実行条件並びに実行結果概要 ・遺伝子発見の使用ソフト及びバージョン、実行条件並びに実行結果概要 ・アノテーション(機能推定)の実施方法、ソフト使用の場合はソフト名及びバージョン ・その他作業報告書として必要な事項 なお、作業報告書の書式については、4.2を参照すること。
- 履行場所
説明会日
2022.08.23資料交付日
---資料等提出日
2022.09.07入札日
2022.09.21受付終了入札結果情報
結果公示日
2022.09.26落札日(契約締結日)
2022.09.21有料版で閲覧できます。
落札企業情報
落札価格
有料版で閲覧できます。
※1 税込み/税抜き等の情報については「落札情報」のリンクをご確認ください。なお、「落札情報」にて確認ができない情報については、恐れ入りますが、対象の発注機関にお問合せください。
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類似案件
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- 入札形式
- 一般競争入札
訂正公告情報
公示日
2022.08.15- 詳細
入札説明書が下記のとおり訂正されました。 入札説明書表紙 入札説明書 1 ページ目 2 行目 入札説明書1.(1)役務の名称 仕様書表紙 <変更前> DBRP データ充実化のための微量菌体サン プルからのゲノム解析 <変更後> 生物資源データプラットフォーム(DBRP)データ充実化のための微量菌体サンプルか らのゲノム解析 上記変更に伴い、入札説明書、仕様書を訂正後に差し替えております。
公示日
2022.08.31- 詳細
再度訂正がありました。 詳細は、正誤表をご確認ください。